본 연구소는 육종연구부, 재배연구부, 영양연구부, 가공연구부, 보호연구부, 경영연구부의 6부를 두고 있으며, 각 부에서는 부장과 전문 분야의 교수들로 구성된 연구원들이 다음과 같은 연구활동을 수행하고 있다.

또한, 연구소의 전반적인 업무 활동은 소장이 하며 연구소의 기본 운영계획수립 및 예산 결산, 기타 연구소운영에 관한 심의를 위하여 7인으로 구성된 운영위원회가 있다.