전문농업인 최고경영자과정은 충북도내 거주 농업인들을 CEO로 양성하기 위하여 전문분야별로 새로운 농업기술과 농업경영 전략을 교육하고 토론하는 열린 프로그램이다. 기초 공통분야에는 컴퓨터를 이용한 농업정보의 활용방법 등 정보화 시대에 대응할 수 있는 능력 배양과 농업경영진단과 계획 등 농업경영활동과 관련된 과목을 개설/운영하고 있다. 전공분야에서는 분야별로 최고경영자로서 갖추어야 할 첨단기술의 이론과 실제, 현장 애로기술의 해결 방법, 국내외 선진 농가의 견학, 각종 세미나를 통한 과정생 상호간 기술정보의 교환 등 작목별 전문기술교육을 실시하여 세계화, 지방화에 대비할 수 있는 다양한 교육 프로그램을 제공하고 있다. 본 과정은 매년 새로운 교육 프로그램을 제공하기 때문에 부부 농업인, 여성농업인, 신규 취농자, 농업관련 부문 종사자, 지역농업의 지도자 및 후계자 등 누구나가 참여할 수 있다.